ความแตกต่างหลักๆ อยู่ที่การจำแนกประเภทวิชา ลักษณะทางสัณฐานวิทยา และวิถีการดำรงชีวิตที่แตกต่างกัน ดังนี้
การจำแนกประเภทวิชาที่แตกต่างกัน
1.ปลาโบนิโต
ปลาโบนิโต หรือที่รู้จักกันทั่วไปในชื่อ ปลาบอมบาร์ด จัดอยู่ในอันดับ Perciformes วงศ์ Scombridae และสกุล Bonito
2.ปลาทูน่า
ปลาทูน่าโดยทั่วไปหมายถึงวงศ์ปลาทูน่า ซึ่งจัดอยู่ในอันดับ Actinopterygii, อันดับ Scombriformes, วงศ์ Scombridae, สกุล Slender, สกุล Rudder, สกุล Tuna, สกุล Tuna และสกุล Tuna (รวมทั้งหมด 5 สกุล)
ลักษณะทางสัณฐานวิทยาที่แตกต่างกัน
1.ปลาโบนิโต
ลำตัวมีรูปร่างคล้ายกระสวย สีน้ำเงิน แข็งแรง ไม่มีเกล็ด ผิวเรียบ และครีบหางพัฒนาดี มีแถบสีเข้มตามยาวหลายแถบที่บริเวณท้องด้านข้าง และแถบสีเป็นเส้นตรงที่ด้านหลัง ครีบหางเป็นรูปพระจันทร์เสี้ยว มีแถบตามยาว 4-7 แถบที่ด้านข้างของลำตัว ด้านหลังของลำตัวเป็นสีน้ำเงินน้ำตาล ท้องเป็นสีขาวเงิน ครีบแต่ละอันเป็นสีเทาอ่อน หัวมีขนาดใหญ่ ปากแหลม และหางมีขนาดเล็ก
2.ปลาทูน่า
ปลาทูน่ามีปลายรูปกรวย ปากขนาดกลาง และฟันที่พัฒนาดี เยื่อเหงือกไม่เกาะติดกับคอคอด เกล็ดมีรูปร่างเป็นวงกลม มักมีขนาดเล็กมาก และสีลำตัวเป็นโลหะ มักเป็นสีน้ำเงินและสีเงิน ปลาทูน่ามีแถบและครีบสีเข้ม ครีบหลังประกอบด้วยครีบเรียงกันหนาแน่น 9 ถึง 27 อัน และครีบเชิงกรานมี 6 ครีบ
วิถีชีวิตที่แตกต่าง
1.ปลาโบนิโต
ปลาโอเป็นปลาน้ำจืดที่มีการกระจายพันธุ์อย่างกว้างขวางในน่านน้ำเขตอบอุ่นและเขตร้อนทั่วโลก เป็นปลาที่อพยพขึ้นสู่ผิวน้ำโดยกินเนื้อเป็นอาหาร ปลาชนิดนี้ชอบอยู่รวมกันในบริเวณน้ำที่น้ำเย็นและน้ำอุ่นมาบรรจบกัน โดยปกติจะกินปลาขนาดเล็ก เช่น ปลาซาร์ดีน สัตว์จำพวกกุ้ง หรือเซฟาโลพอดเป็นอาหาร
2.ปลาทูน่า
การกระจายพันธุ์ตามธรรมชาติของปลาทูน่ามีขอบเขตกว้างแต่เบาบาง ปลาทูน่ากระจายตัวอยู่ทั่วทั้งมหาสมุทร โดยเฉพาะในเขตร้อนและเขตอบอุ่น โดยส่วนใหญ่อยู่ในบริเวณละติจูดต่ำถึงกลาง โดยกระจุกตัวอยู่ในมหาสมุทรแปซิฟิก แอตแลนติก และอินเดีย ปลาทูน่าเป็นสัตว์นักล่าที่หากินอย่างแข็งขัน โดยกินสิ่งมีชีวิตหลากหลายชนิดเป็นอาหาร อาหารของปลาแต่ละชนิดได้แก่ ปู กุ้ง ปลาหมึก สัตว์จำพวกกุ้ง ปลาวัยอ่อนและสัตว์ไม่มีกระดูกสันหลัง รวมถึงปลาที่มีความยาวประมาณ 1 เมตร ปลาบางชนิดที่มีขนาดเล็กกว่าจะกรองแพลงก์ตอนผ่านตะแกรงเหงือก
